قرارگاه ملی مبارزه با مفاسد اقتصادی در نامه‌ای خطاب به وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی،‌ به برخی از گلوگاه‌های بروز فساد در شبکه سلامت کشور اشاره کرده است. از آن جمله می‌توان عدم شفافیت‌ها، تعارض منافع، انحصارات و … را نام برد.